動画を変換したいときになにかとお世話になっているサイトに情報がありました。
フリーソフトがあるなんて知らなかったので、早速使ってみたいと思います。
Riva FLV Encoder(動画をFLV・画像 変換) インストール ガイド
念のため本家のURLも。
ほかにも SUPER とか MediaCoder といったソフトでも変換が可能なようです。
情報がまとまっているのはこちらのサイト。